『薩爾達傳說 時之笛 3D』是敘述想藉助諸神遺產『三角神力』的力量支配世界的大魔王加儂多夫，與被選為勇者的少年林克，兩人展開一場穿越時空的宿命對決的經典動作冒險遊戲。使用各種裝備與道具解開迷宮的謎題，並擊敗強敵不斷在冒險中前進。